GrADS compile memo

64bit cygwin (Windows8.1) での GrADS 2.1.a1 コンパイルメモ (2014/04/13)

Table of Contents

cygwin
supplibs ダウンロード
supplibs インストール
インストールに失敗したライブラリに個別に対応
- zlib
- hdf4
- hdf5
- netcdf
- dap
- gadap
GrADS 2.1.a1 ダウンロード
GrADS 2.1.a1 インストール

cygwin

Setup.exe version 2.844 (64bit) を利用。

$ uname -a
CYGWIN_NT-6.3 home-PC 1.7.29(0.272/5/3) 2014-04-07 13:46 x86_64 Cygwin

supplibs ダウンロード

supplibsはGrADSのコンパイルに必要な追加ライブラリです。
http://en.sourceforge.jp/projects/sfnet_opengrads/releases/ から、supplibs → supplibs-2.2.1.tar.gz をダウンロード。

本家のページ
http://iges.org/grads/gadoc/supplibs.html
には個別のファイルも置いてあるが、必要最小限にしようとするとコンパイル時に依存関係とかでハマるので（実際ハマったので）お勧めできない。

config.guess と config.sub が古くてエラーとなるので、
http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.guess;hb=HEAD
http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.sub;hb=HEAD
から config.guess と config.sub をダウンロード。

supplibs インストール

まずは展開。

tar xvzf supplibs-2.2.1.tar.gz
cd supplibs-2.2.1/src

config.guess と config.sub を更新。
cygwin の cp は後出しの -f が有効にならない？
（私の設定では）alias で -i を付けているので、\cp で無効にする。
```
for F in `find . -name config.guess`;do \cp -pf ../../config.guess $F;done
for F in `find . -name config.sub`;do \cp -pf ../../config.sub $F;done
```

エラーがうるさいので、GNUmakefileの
```
CVS := cvs -d $(shell cat CVS/Root)
```
の行をコメントアウト

8コア積んでいるので、8ジョブ並列で実行。
それぞれのライブラリでconfigure→子makeが実行されるので、環境変数MAKEを設定してmake
```
MAKE="make -j8" make -j8 install
```
後ろの-j8は要らないかもしれない。フツーにmake実行するなら make install だけで良い。
configure は並列かからないから8倍速にはならない(^^;)

約1時間半後

-------+---------+--------------
Config | Install |   Package
-------+---------+--------------
  ok   |   ok    | pkg-config
  ok   |   --    | udunits
  ok   |   --    | zlib
  ok   |   ok    | szlib
  ok   |   ok    | libpng
  ok   |   ok    | jpeg
  ok   |   ok    | jasper
  ok   |   ok    | tiff
  ok   |   ok    | geotiff
  --   |   --    | hdf4
  ok   |   ok    | grib2c
  ok   |   ok    | xml2
  ok   |   ok    | curl
  ok   |   --    | dap
  --   |   --    | gadap
  ok   |   --    | hdf5
  ok   |   --    | netcdf
  ok   |   ok    | ncurses
  ok   |   ok    | readline
  ok   |   --    | libsx
  ok   |   ok    | freetype
  ok   |   ok    | fontconfig
  ok   |   ok    | pixman
  ok   |   ok    | cairo
  ok   |   ok    | shp
  ok   |   ok    | gd
-------+---------+--------------

今度は -j8 なしで

$ make install
-------+---------+--------------
Config | Install |   Package
-------+---------+--------------
  ok   |   ok    | pkg-config
  ok   |   ok    | udunits
  ok   |   --    | zlib
  ok   |   ok    | szlib
  ok   |   ok    | libpng
  ok   |   ok    | jpeg
  ok   |   ok    | jasper
  ok   |   ok    | tiff
  ok   |   ok    | geotiff
  --   |   --    | hdf4
  ok   |   ok    | grib2c
  ok   |   ok    | xml2
  ok   |   ok    | curl
  ok   |   --    | dap
  --   |   --    | gadap
  ok   |   --    | hdf5
  ok   |   --    | netcdf
  ok   |   ok    | ncurses
  ok   |   ok    | readline
  ok   |   ok    | libsx
  ok   |   ok    | freetype
  ok   |   ok    | fontconfig
  ok   |   ok    | pixman
  ok   |   ok    | cairo
  ok   |   ok    | shp
  ok   |   ok    | gd
-------+---------+--------------

インストールに失敗したライブラリに個別に対応

zlib

コンパイルは通っているが、共有ライブラリをインストールしようとしてエラー。
静的ライブラリだけでいいはずなので、Makefile を修正。
install-libs: 以下の shared～が含まれる行をコメントアウトする。
```
make install ALLDIRS=zlib
```

hdf4

configure: creating ./config.lt
config.lt: creating libtool
*** unknown host x86_64-unknown-cygwin!

config.lt か libtool に問題があるかと思いきや、
configure の 22443行目以下の case "$host" in にx86_64-unknown-cygwinが無いためだった。
```
 x86_64-unknown-cygwin) BAR="linux"      ;;
```
を追加。

ディレクトリconfig以下にも設定ファイルが必要

cat > config/x86_64-unknown-cygwin << EOF
CC=gcc
CC_BASENAME=gcc
DEBUG_CFLAGS="-g -fverbose-asm"
DEBUG_CPPFLAGS=
PROD_CFLAGS="-O3 -fomit-frame-pointer"
PROD_CPPFLAGS=
PROFILE_CFLAGS="-pg"
PROFILE_CPPFLAGS=
EOF

configureは通ったけど、makeで落ちる。かなり長いエラーだが、
```
In file included from hdf.h:20:0,
                 from atom.c:64:
hdfi.h:1442:1: error: unknown type name ‘No’
 No machine type has been defined.  Your Makefile needs to have someing like
```
hdf/src/hdfi.h で、GOT_MACHINE が定義されずにエラーとなる。
ここで、intやcharの長さを決めているらしい。
64bitでgccならLinuxと変わらないんじゃね？ということで、
```
#define __linux__
```
を hdf/src/hdfi.h に追加。makeも問題なく実行できた（かなり怪しいが）。

hdf5

tools/hdls でエラー

h5ls.c: In function ‘get_width’:
h5ls.c:2153:9: error: unknown type name ‘CONSOLE_SCREEN_BUFFER_INFO’
         CONSOLE_SCREEN_BUFFER_INFO scr;
         ^
h5ls.c:2154:49: error: ‘STD_OUTPUT_HANDLE’ undeclared (first use in this function)
         GetConsoleScreenBufferInfo(GetStdHandle(STD_OUTPUT_HANDLE), &scr);

/usr/include/w32api/windows.h で定義されているようなので、 h5ls.c に #include <windows.h> を追記。

make install ALLDIRS=hdf5

netcdf

make install ALLDIRS=netcdf
In file included from dapparselex.h:11:0,
                 from dap.y:11:
daptab.h:93:15: error: unknown type name 'DAPparsestate'
daptab.hでDAPparsestateを使っていて、dapparselex.hで定義されている。
が、dapparselex.hでdaptab.hがincludeされている？
int dapparse (DAPparsestate* parsestate);
を
struct DAPparsestate;
int dapparse (struct DAPparsestate* parsestate);
に変える。
Makefile:431: recipe for target 'netcdf-f90.info' failed
make: *** [netcdf-f90.info] Error 1
だが、configure時に--disable-f90のため、要らないはず。（manだからそもそも無くて良いはずだけど）
netcdf-f90.texi:2085: warning: @item missing argument
netcdf-f90.texi:6982: raising the section level of @unnumberedsubsec which is too low
Makefile:431: recipe for target 'netcdf-f90.info' failed
make: *** [netcdf-f90.info] Error 1
netcdf-f90.info の @unnumberedsubsec を @unnumberedsec に書き換える(3箇所)

dap

どう頑張ってもインストールできなかったので、
http://iges.org/grads/gadoc/supplibs.html
にあるリンク（ローカルコピー）から、古いバージョンを取得。
ftp://cola.gmu.edu/grads/Supplibs/2.1/src/libdap-3.7.8.tar.gz
バージョン3.7.10→3.7.8

上記supplibs.htmlに書いてあるとおり、

SUPPLIBS=どこぞのsupplibs-2.2.1/x86_64-unknown-cygwin
export PKG_CONFIG=${SUPPLIBS}/bin/pkg-config
export PKG_CONFIG_PATH=${SUPPLIBS}/lib/pkgconfig

元のdapのconfig.logにある、./configure --prefix=～と同様に実行。
```
configure:2047: checking build system type
configure:2056: error: cannot guess build type; you must specify one
```
./configure に --build=x86_64-unknown-cygwin 追加。

さらに

make
DDXParser.cc: In function ‘Type get_type(const char*)’:
DDXParser.cc:133:28: error: ‘strcmp’ was not declared in this scope

google先生によると、gcc 4.2以前とgcc 4.3のバージョンの違いに問題があるらしい。
DDXParser.cc に #include <string.h>を追加

Vector.cc: In member function ‘virtual unsigned int Vector::val2buf(void*, bool)’:
Vector.cc:677:40: error: ‘memcpy’ was not declared in this scope

Vector.cc にも #include <string.h>を追加

SignalHandler.cc: In static member function ‘static void SignalHandler::initialize_instance()’:
SignalHandler.cc:64:42: error: ‘atexit’ was not declared in this scope

SignalHandler.cc には #include <stdlib.h>を追加

Error.cc: In copy constructor ‘Error::Error(const Error&)’:
Error.cc:111:54: error: ‘strlen’ was not declared in this scope

Error.cc にも #include <string.h>を追加

util.cc: In function ‘char* get_tempfile_template(char*)’:
util.cc:588:11: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]

util.cc にも #include <string.h>を追加

parser-util.cc: In function ‘void save_str(char*, const char*, int)’:
parser-util.cc:135:19: error: ‘strlen’ was not declared in this scope

parser-util.cc にも #include <string.h>を追加

dds.y: In function ‘int ddsparse(void*)’:
dds.y:196:57: error: ‘strcpy’ was not declared in this scope

dds.y にも #include <string.h>を追加

GeoConstraint.cc: In function ‘bool unit_or_name_match(std::set<std::basic_string<char> >, std::set<std::basic_string<char> >, const string&, const string&)’:
GeoConstraint.cc:110:43: error: ‘find_if’ was not declared in this scope

GeoConstraint.cc には #include <algorithm>を追加。

RCReader.cc: In member function ‘bool RCReader::read_rc_file(const string&)’:
RCReader.cc:156:40: error: ‘strchr’ was not declared in this scope

RCReader.cc に #include <string.h>を追加

Connect.cc: In member function ‘void Connect::parse_mime(Response*)’:
Connect.cc:181:27: error: ‘strlen’ was not declared in this scope

Connect.cc に #include <string.h>を追加。

HTTPCache.cc: In member function ‘void HTTPCache::create_location(HTTPCache::CacheEntry*)’:
HTTPCache.cc:1470:37: error: ‘strcpy’ was not declared in this scope
HTTPCache.cc: In member function ‘void HTTPCache::set_max_size(long unsigned int)’:
HTTPCache.cc:1200:42: error: ‘ULONG_MAX’ was not declared in this scope

HTTPCache.cc に #include <string.h>と#include <limits.h>を追加。

AISDatabaseParser.cc: In static member function ‘static void AISDatabaseParser::aisStartElement(AISDatabaseParser::AISParserState*, const char*, const char**)’:
AISDatabaseParser.cc:104:31: error: ‘strcmp’ was not declared in this scope

AISDatabaseParser.cc に #include <string.h>を追加。

util_mit.cc: In function ‘time_t parse_time(const char*, bool)’:
util_mit.cc:137:37: error: ‘strchr’ was not declared in this scope

util_mit.cc に #include <string.h>を追加。

cgi_util.cc: In function ‘void ErrMsgT(const string&)’:
cgi_util.cc:313:49: error: ‘strcpy’ was not declared in this scope

cgi_util.cc に #include <string.h>を追加。

HTTPConnect.h:35:24: fatal error: curl/types.h: No such file or directory
 #include <curl/types.h>

-I../../x86_64-unknown-cygwin/include を追加。

getdap.cc: In function ‘int main(int, char**)’:
getdap.cc:264:44: error: ‘strcmp’ was not declared in this scope

getdap.cc に #include <string.h>を追加。

TestArray.cc: In member function ‘virtual void TestArray::constrained_matrix(const string&, char*)’:
TestArray.cc:163:66: error: ‘memcpy’ was not declared in this scope

TestArray.cc に #include <string.h>を追加。

make install

gadap

make install ALLDIRS=gadap
configure は、dap がインストールできているので通る。
gaReports.cc: In member function ‘int gaReports::getVarDbl(int, int, int, int, double*) ’:
gaReports.cc:167:11: error: ‘free’ was not declared in this scope
#include <stdlib.h> 追加。

GrADS 2.1.a1 ダウンロード

http://iges.org/grads/downloads.html から
ソース
ftp://cola.gmu.edu/grads/2.1/grads-2.1.a1-src.tar.gz
をダウンロード。

GrADS 2.1.a1 インストール

tar xvzf grads-2.1.a1-src.tar.gz
cd grads-2.1.a1

supplibs同様、./etc を最新のconfig.guess と config.sub で上書き。

SUPPLIBSにはpng12しかないのに、png15を使おうとしてmake時にエラーとなるので、
configureを変更。
```
cp configure configure_org
sed 's/png15/png12/g' configure_org > configure
chmod +x configure
```

SUPPLIBS=どこぞのsupplibs-2.2.1/x86_64-unknown-cygwin \
./configure --disable-dyn-supplibs --prefix=インストールしたい場所
conftest.c:71:22: fatal error: ft2build.h: No such file or directory
cairoのチェック中にエラーが出る。ft2build.hはfreetype2のヘッダファイルで
${SUPPLIBS}/include/ft2build.h にあるが、-I${SUPPLIBS}/include/freetype2 などしかチェックしていない。
${SUPPLIBS}/include/ft2build.h から ${SUPPLIBS}/include/freetype2/ にコピー。

SUPPLIBS=どこぞのsupplibs-2.2.1/x86_64-unknown-cygwin \
./configure --disable-dyn-supplibs --prefix=インストールしたい場所
make
g++: error: supplibs-2.2.1/x86_64-unknown-cygwin/lib/libnetcdf.a: No such file or directory
g++: error: supplibs-2.2.1/x86_64-unknown-cygwin/lib/libXrender.a: No such file or directory
libXrenderはSUPPLIBSに無いのにSUPPLIBSを見に行っている。-lXrender に変更。 libnetcdf.aはlibnetcdf.libとしてインストールされている。libnetcdf.libに変更。
libsx.a(libsx.o): In function `ShowDisplay':
supplibs-2.2.1/src/libsx/src/libsx.c:414: undefined reference to `XInternAtom'
libsx.a には -lX11が必要。gui_libsに追加。
libxml2.a(encoding.o):encoding.c:(.text+0x2fac): undefined reference to `libiconv_open'
libxml2.a に libiconvが必要なので、cairo_libsとdap_libsに-liconv追加
libcairo.a(cairo-xlib-surface.o):cairo-xlib-surface.c:(.text+0x16f): undefined reference to `XCreatePixmap'
/usr/bin/ld: supplibs-2.2.1/x86_64-unknown-cygwin/lib/libcairo.a(cairo-win32-font.o): bad reloc address 0x0 in section `.pdata'
cairo_libs に -lX11 -lgdi32 -lmsimg32 追加。
grib2scan.c:300: undefined reference to `gagby'

gcc -g -O2    grib2scan.c   -o grib2scan
が実行されているが、gagbyはgamach.oで定義されている。他も追加して、手動コンパイル。
gcc -g -O2    grib2scan.c gamach.o gautil.o galloc.o gatxt.o -lreadline -o grib2scan

make install

このあと、/usr/local/lib/grads にフォントデータなどを用意する。ftp://cola.gmu.edu/grads/data2.tar.gz からダウンロード。

掲示板に要望があれば、バイナリをアップするかも？他人の作ったバイナリでも気にせず実行できるなら...

と思ったけど、無料サイトなので1ファイル3MBまでしかアップできない orz 分割してもいいけど。